“推迟审议没有什么新的原因，还是来自相关利益方的反对。”财政部一位专家接受《财经》记者采访时直言不讳地表示
根据全国人大常委会去年底公布的2006年立法计划，以两税合并为核心内容的《企业所得税法》本已列入本年度立法计划，要求8月提交人大常委会审议。
但从8月中旬委员长会议确定的议程看，这显然已经不可能了。
8月21日出版的《财经》杂志报道，按正常工作程序，一个法律草案如果上人大常委会审议，国务院必须提前一个月提交全国人大，经过预算工作委员会、财经委员会及法律委员会等部门讨论，最后由委员长会议向常委会提出是否审议的建议。而7月25日召开的国务院常务会议上，并没有安排讨论《企业所得税法》的内容。这意味着，原定立法进程已很难按预定程序推进。
“我看推迟审议没有什么新的原因，还是来自相关利益方的反对。”财政部一位专家接受《财经》记者采访时直言不讳地表示，多年来，商务部门一直消极对待两税合并，其担忧是合并可能影响引进外资。“万一合并后外资企业税负提高，外资都跑到周边国家了，怎么办？”
据现行《外商投资企业和外国企业所得税法》和《企业所得税暂行条例》两个法律法规，目前外资企业所得税实际税负为15％左右，内资企业为25％左右。对于合并后企业所得税税率，财政部考虑到财政减收因素，认为税率不能定得太低，应在24％－30％之间；商务部则担心对外资冲击过大，希望定在接近外资的15％左右。
在东部沿海发达地区，也有人担心两税合并会导致当地的经济竞争力受损。沿海地区对外开放度比较高，绝大多数外商投资企业也在沿海。两税合并方案将改变原有的税收区域性优惠为产业优惠，这意味着沿海地区通过所得税优惠吸引外资的优势不复存在。为了维持既得利益，沿海发达地区一直对两税合并持反对态度。
一些沿海省份在谈论这个问题时，甚至上升到政治高度。他们提出，中国应当坚持改革开放政策的承诺；企业所得税两税合并不是一个经济问题，而是个政治问题。据悉，东部地区的不同意见，是导致此次审议推迟的重要原因之一。
其实，在围绕两税合并立法的种种争论中，财税部门并不反对继续引进外资和扩大外贸；商务部门等也认同合并内外资企业所得税的必要性。但出于部门利益的考虑，各方面对两法合并后的过渡期、税率、优惠等重大问题的看法一直存在很大差距。
按惯例，《企业所得税法》在提交全国人大审议前，需经过人大常委会三次审议。此次常委会既已确定不提交审议，则必须在10月提交，否则在明年全国人大会议召开前，将不可能完成“三读”。倘如此，如按正常程序，《企业所得税法》则会拖到下一届政府，其不确定性亦将由此增多。