创新能力差、生产要素供应不足等困扰乡镇企业
目前，我国转让专利中约有６０％左右的技术专利被乡镇企业购买使用，乡镇企业新增投入中有一半以上用于科技投入，一些企业还建立了自己的研发机构。乡镇企业产业产品层次逐步提高，结构进一步优化。这是记者从农业部２２日举行的新闻发布会上获悉的。
农业部乡镇企业局局长甘士明表示，尽管如此，较高素质人力资源短缺和企业创新能力较弱仍是制约乡镇企业发展的难点之一。高级经营管理人员和技术人员比重低，普通职工技术素质差，企业缺乏所需要的有一定技能的劳动力。由于人力资源短缺，许多乡镇企业主要依靠引进和购买技术，缺少自主知识产权，缺少自主研发的技术和产品，相当一部分企业没有研发能力，不具备持续发展的能力。
生产要素供应不足也成为困扰乡镇企业发展的难题。一方面，小弱散的乡镇企业吸纳生产要素的能力弱，另一方面，乡镇企业抵押难、贷款难，乡镇企业贷款余额仅占全社会贷款余额的５％。电力阶段性短缺，在一定程度上影响企业正常生产；能源、原材料涨价，公路运输治理双超等加大了生产经营成本，压缩了利润空间。
此外，对乡镇企业认识上存在偏差、管理水平较低、服务支撑体系尚不完善等因素都制约了乡镇企业的良性发展。