农业部乡镇企业局局长甘士明日前表示，尽管我国乡镇企业的发展正迎来新机遇，但是也面临着五方面的难题。
首先，对乡镇企业认识上的偏差制约乡镇企业发展。甘士明说，社会上目前对乡镇企业认识不一致，有人认为乡镇企业历史使命完成了，没有必要再提了，应该用中小企业、民营企业代替乡镇企业。认识上的偏差，导致一些领导不敢抓乡镇企业，一些乡镇企业不愿叫乡镇企业。
第二，乡镇企业生产要素供应不足制约了乡镇企业发展。小弱散的乡镇企业吸纳生产要素的能力弱，而且抵押难、贷款难。
第三，较高素质人力资源短缺和企业创新能力较弱制约乡镇企业发展。甘士明说，乡镇企业中高级经营管理人员和技术人员比重低，普通职工技术素质差，企业缺乏所需要的有一定技能的劳动力。由于人力资源短缺，也导致企业创新能力弱。乡镇企业模仿能力强，主要靠引进和购买技术，缺少自主知识产权，缺少自主研发的技术和产品，相当一部分企业没有研发能力，不具备持续发展的能力。
第四，管理水平较低制约乡镇企业发展。一些乡镇企业没有建立现代企业制度，存在家族式、家长式管理，法人治理结构还不健全，企业的战略管理、人力资源管理和信息化管理薄弱。安全生产和职业卫生问题时有发生。资源浪费和环境污染较为严重。
最后，服务支撑体系尚不完善制约乡镇企业发展。各级乡镇企业行政管理部门服务手段弱，全方位、大覆盖的乡镇企业社会化服务体系尚未健全。