南水北调中线总干渠由明渠段和非明渠段组成。通知规定，对于明渠段，工程管理范围边线两侧外５０米为一级水源保护区，该区边线两侧外１０００米为二级水源保护区；对于非明渠段，工程外边线两侧外５０米为一级水源保护区，该区边线两侧外１５０米为二级水源保护区。
在一级水源保护区内，不得建设任何与总干渠水工程无关的项目，农业种植不得使用不符合国家有关农药安全使用和环保有关规定、标准的高毒和高残留农药。在二级水源保护区内，不得新建扩建污染较重的废水排污口、化工项目及其他开发活动。
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