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制药污水来源：生物法制药的废水可分为提取废水、洗涤废水和其他废水。废水中污染物的主要成分是发醉残余的营养物，如糖类、蛋白质、脂类和无机盐类(Ca2+、Mg2+，K+，Na+， SO4 2- ，HPO42-，Cl-，C2O4等)，其中包括提取废水。
提取废水是经提取有用物质后的发酵液，所以有时也叫发酵废水。含大量未被利用的有机组分及其分解产物，为该类废水的主要污染源。另外，在发酵过程中由于工艺需要采用一些化工原料，废水中也含有一定的酸、碱和有机溶剂等。
洗涤废水来源于发酵罐的清洗、分离机的清洗及其它清洗工段和洗地面等，水质一般与提取废水(发酵残液)相似，但浓度较低。
生物制药厂大多有冷却水排放。一般污染段浓度不大，可直接排放，但回用。有些药厂还有酸、碱废水，经简单中和可达标排放。在生物制药废水中，维生素C生产废水有机污染也十分严重，综合废水的COD含量可达为8000～ 10000 mg/L，含甲酸、蛋白质、古龙酸、盐等物质，废水偏酸性。酸、碱、有机溶剂和化工原料等。
制药废水水质特征：
生物制药废水一般成分复杂，污染物浓度高，含有大量有毒、有害物质、生物抑制物(包括一定浓度的抗)、难降解物质等，带有颜色和气味，悬浮物含量高，易产生泡沫等。 COD浓度高，以废水为例，其中主要为发醉残余基质及营养物、溶媒提取过程的萃余液、经溶媒回收后派出的蒸馏釜残液、离子交换过程排出的吸附废液、水中不溶性的发酵滤液、染菌倒灌液等。SS浓度高，其中主要为发酵的残余培养基质和发酵产生的微生物丝菌体。如庆大霉素SS为8000 mg/L左右，对厌氧EGSB工艺处理极为不利。
工艺流程：制药废水的水质特点使得多数制药废水单独采用生化法处理根本无法达标，所以在生化处理前必须进行必要的预处理。一般应设调节池，调节水质水量和pH，且根据实际情况采用某种物化或化学法作为预处理工序，以降低水中的SS、盐度及部分COD，减少废水中的生物抑制性物质，并提高废水的可降解性，以利于废水的后续生化处理。
预处理后的废水，可根据其水质特征选取某种厌氧和好氧工艺进行处理，若出水要求较高，好氧处理工艺后还需继续进行后处理。具体工艺的选择应综合考虑废水的性质、工艺的处理效果、基建及运行维护等因素，做到技术可行，经济合理。总的工艺路线为预处理－厌氧－好氧－（后处理）组合工艺。采用水解吸附—接触氧化—过滤组合工艺处理含人工素等的综合制药废水，处理后出水水质优于GB8978－1996的一级标准。气浮－水解－接触氧化工艺处理化学制药废水、复合微氧水解－复合好氧－砂滤工艺处理素废水、气浮－UBF－CASS工艺处理高浓度中药提取废水等都取得了较好的处理效果。
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