8月21日，科技部、教育部、发展改革委、财政部、人力资源社会保障部、中科院联合发布发布《关于扩大高校和科研院所科研相关自主权的若干意见》(以下简称《意见》)。《意见》明确指出，优化科研管理机制，改进科研经费和科研仪器设备耗材采购管理，并将扩大高校和科研院所科研相关自主权。
《意见》第六条指出，简化科研项目管理流程。完善中央财政科技计划重大项目组织实施机制，围绕国家需求改进项目形成机制，合理确定项目布局、数量及体量，优选研发团队，强化责任落实与结果考核，简化过程管理。科技部门要会同相关部门精简项目申报流程，减少不必要申报材料。项目实施期间实行“里程碑”式管理，减少各类过程性评估、检查、抽查、审计等。
《意见》第七条指出，完善科研经费管理机制。改革间接经费预算编制和支付方式，不再由项目负责人编制预算，由项目管理部门(单位)直接核定并办理资金支付手续，资金直接支付给承担单位。加快推进基于绩效、诚信和能力的科研管理改革试点，及时总结推广科研项目资金管理等试点经验和做法。
《意见》第八条指出，改进科研仪器设备耗材采购管理。简化采购流程，缩短采购周期，对独家代理或生产的仪器设备，高校和科研院所可按有关规定和程序采取更灵活便利的采购方式。对科研急需的设备和耗材，采用特事特办、随到随办的采购机制，可不再走招投标程序。
《意见》第九条指出，赋予创新领军人才更大科研自主权。国家科研项目负责人可根据国家有关规定自主调整研究方案和技术路线，自主组织科研团队。具有相应授权的高校和科研院所在研究生招生计划分配中，要向承担科技重大专项、重点研发计划等国家重大科研项目的优秀团队和导师倾斜。探索基于重大科技创新平台、重大科研项目和工程项目加强博士研究生培养，完善培养成本分摊机制。
在人事管理方面，《意见》指出，高校和科研院所可根据国家有关规定和开展科研活动需要，制定招聘方案，设置岗位条件，发布招聘信息，自主组织公开招聘，规范聘后管理，畅通人员出口，实现聘用人员市场化退出。另一方面高校和科研院所可根据国家有关规定，结合科技创新事业发展需要，在编制或人员总量内自主制订岗位设置方案和管理办法，确定岗位结构比例。
在绩效工资分配方面，《意见》指出，高校和科研院所可在绩效工资总量内，按国家有关规定自主确定绩效工资结构、考核办法、分配方式、工资项目名称、标准和发放范围，绩效工资分配要向关键创新岗位、作出突出贡献的科研人员、承担财政科研项目的人员、创新团队和优秀青年人才倾斜。
《意见》也同时指出，对全时承担国家关键领域核心技术攻关任务的团队负责人以及单位引进的急需紧缺高层次人才等可实行年薪制、协议工资、项目工资等灵活分配方式，其薪酬在所在单位绩效工资总量中单列，相应增加单位当年绩效工资总量。加大高校和科研院所人员科技成果转化股权期权激励力度，科研人员获得的职务科技成果转化现金奖励、兼职或离岗创业收入不受绩效工资总量限制，不纳入总量基数。