据报道，国务院南水北调工程建设委员会办公室建设和管理司司长李新军近日在出席“可持续水资源管理论坛”时表示，南水北调工程建成后，可以有效遏制地下水位的下降，减少北方沙尘暴的发生几率，生态效益不可低估。
李新军说，南水北调工程竣工后，通过对水资源的严格管理，禁止城市和工业企业超采地下水，到2010年中国的地下水年超采量将减少36亿立方米。“这可以有效遏制地下水位的下降，对地面沉陷等环境地质问题的缓解起到重要作用。”
李新军说，随着受水区一些河道得到常年输水，大部分湿地可得到正常补给，有利于回升地下水位和保护生物多样性，可以帮助缓解生态环境恶化的趋势。
他说：“南水北调工程可以帮助逐步修复黄淮海平原地区的自然生态环境，大部分湿地可得到正常补给，有利于遏制水土流失，改善并不断恢复地表植被，降低大气降尘量，减少北方沙尘暴的发生几率。”
他同时指出，南水北调工程还有利于缓解农业和农村居民用水问题。“南水北调工程的直接和间接受益区是中国小麦、棉花、油料、烟草等多种经济作物的重要产区，可以通过增加向沿线城市工业、生活的供水，将工业、生活长期挤占的低价的当地水偿还给农业，增强受益区农业和农村的发展后劲。”李新军说。
他说：“对700多万长期饮用苦咸水和其他含有害物质地下水的当地农民来说，南水北调工程提供的优质水可以使其彻底改善饮水条件，提高生活质量，保障身体健康。”
南水北调工程是迄今世界上最大的调水工程，分为东线、中线和西线三条调水线路，调水规模分别是148亿立方米、130亿立方米和170亿立方米，总投资约5000亿元。